上诉人（原审被告）：北京德农种业有限公司，住所地北京市海淀区中关村南大街甲6号铸诚大厦B座20层。
　　法定代表人：鲁永明，该公司董事长。
　　委托诉讼代理人：胡卫东，该公司员工。
　　委托诉讼代理人：杨洋，北京市康达律师事务所律师。
　　上诉人（原审被告）：河南省农业科学院，住所地河南省郑州市金水区农业路1号。
　　法定代表人：马万杰，该院院长。
　　委托诉讼代理人：朱修岭，河南仟问律师事务所律师。
　　委托诉讼代理人：肖道灵，河南仟问律师事务所律师。
　　被上诉人（原审原告）：河南金博士种业股份有限公司，住所地河南省郑州市经济技术开发区商英街58号。
　　法定代表人：闫永生，该公司董事长。
　　委托诉讼代理人：刘朝旺，河南裕达律师事务所律师。
　　委托诉讼代理人：张武，北京市众鑫律师事务所律师。
　　上诉人北京德农种业有限公司（以下简称德农公司）、上诉人河南省农业科学院（以下简称农科院）因与被上诉人河南金博士种业股份有限公司（以下简称金博士公司）侵害植物新品种权纠纷一案，不服河南省郑州市中级人民法院（以下简称一审法院）2015年9月28日作出的（2014）郑知民初字第720号民事判决，向本院提起上诉。本院于2015年11月23日立案后，依法组成合议庭公开开庭进行了审理，上诉人德农公司的委托诉讼代理人胡卫东、杨洋，上诉人农科院的委托诉讼代理人肖道灵、朱修岭，被上诉人金博士公司的委托诉讼代理人刘朝旺、张武均到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
　　德农公司上诉请求：1、撤销一审判决；2、改判驳回金博士公司的全部诉讼请求；3、判令金博士公司承担本案一、二审全部诉讼费用。
　　事实和理由：一、金博士公司在对农科院使用“郑58”生产、经营“郑单958”的许可范围之中，已包含农科院允许德农公司使用“郑58”生产“郑单958”的权利。因此，德农公司使用“郑58”生产“郑单958”，并不构成对金博士公司的侵权。二、退一步而言，即使二审法院最终认定金博士公司在对农科院使用“郑58”许可范围中，并不包含农科院允许德农公司使用“郑58”生产“郑单958”的权利，德农公司也不存在任何侵权主观过错，不构成侵权，不应承担侵权赔偿责任。三、即使认定德农公司构成侵权，一审判决支持的金博士公司4950万元的赔偿金额，也缺乏基本证据，不符合最高院司法解释的赔偿标准，且严重偏离了“郑58”品种权的实际价值，应予纠正。
　　二审庭审中，德农公司补充以下上诉意见：一、2001年10月27日的《联合声明》未限定效力期限，一审判决将《联合声明》的效力期限确定为2010年7月1日止，缺乏事实依据，且与其他证据反映的客观事实相矛盾。1、《联合声明》确定的“相互授权模式”的法律性质，决定了该《联合声明》的效力期限不可能是品种权到期之前的某一具体日期。2、《联合声明》发布于农科院与德农公司2001年5月26日《郑单958玉米杂交种种子生产、销售许可合同》之后，并不意味着《联合声明》的效力即应受限于该许可合同的十年期限。3、中国种子集团有限公司（以下简称中种集团）于2010年4月23日被许可成为第五家有权销售“郑单958”单位的事实，并不能证明《联合声明》的效力期限截止于2010年7月1日。4、本案中的其他证据，也充分佐证了《联合声明》的效力并不受限于农科院与德农公司2001年5月26日《郑单958玉米杂交种种子生产、销售许可合同》的十年期限。
　　二、一审判决对侵权赔偿额的计算存在严重错误。1、一审判决认定的侵权行为是“使用郑58生产郑单958”，但一审判决计算侵权所得利益时，又是以“销售郑单958”这一行为实现的销售利润作为计算依据，“使用郑58生产郑单958”与“销售郑单958”是两个不同的行为，后者并非一审判决认定的侵权行为，因该行为产生的利益不能界定为侵权所得利益。2、“使用郑58生产郑单958”这一侵权行为给金博士公司造成的损失即为金博士公司本可以收取的一笔“郑58”许可使用费；从反面而言，其带给德农公司的侵权利益，也就是德农公司少花费的一笔“郑58”许可使用费。根据金博士公司与张发林于2008年12月18日签订的《郑58植物新品种权转让协议》，金博士公司直接受让“郑58”品种权的转让款为85万元，因此“郑58”的许可费不可能高于85万元，本案侵权赔偿额也应以85万元为最高限度。3、根据一审判决第30页倒数第9行查明的事实，中国种子协会于2014年9月23日通过的《玉米育种成果收益分配指导意见》中，有关玉米育种成果收益分配比例方案：父本者：母本者：组配者的权益比例为3：3：4，是在“品种经营权交易时参照”。即该指导意见确定的权益分配比例，系适用于杂交种品种权转让收益或许可收益的分配，而非杂交中本身的销售获利分配。
　　金博士公司辩称，一审判决认定事实清楚，适用法律正确，程序合法，应驳回上诉，维持原判。具体理由如下：
　　一、一审判定“德农公司未取得金博士公司的授权许可，使用郑58自交系生产郑单958对金博士公司构成了侵权”是正确的。
　　1．金博士公司依法享有“郑58”植物新品种权，应受到法律保护。德农公司未经金博士公司许可，为商业目的重复使用“郑58”，繁育生产“郑单958”玉米杂交种，2011年3月17日金博士公司给德农公司送达了向农业部呈报的《关于请求在“郑单958”玉米新品种种子繁育生产经营行政管理中依法保护郑58玉米自交系植物新品种权的报告》，明确要求德农公司停止侵权行为。同年5月10日金博士公司再一次给德农公司发出《函告》，要求其立即停止侵权行为。德农公司收到上述文件后，仍继续实施侵权行为，主观侵权恶意明显。
　　2.德农公司上诉主张的金博士公司给农科院、农科院粮作所出具的《承诺书》《授权书》以及《招股说明书》授权农科院无偿使用“郑58”已包含了对德农公司的授权，而农科院又授权德农公司使用“郑58”，故其对金博士公司不构成侵权的辩称根本不能成立：
　　金博士公司于2009年7月25日出具的《承诺书》《授权书》，是授权农科院粮作所科技有限公司、农科院及其所属研究机构和上述机构控股或实际控股的科技企业无偿使用“郑58”用于“郑单958”的生产、经营活动，直至“郑58”保护期满为止。但《承诺书》中对德农公司的表述，只是许可德农公司可以无偿使用“郑58”用于“郑单958”的生产、经营活动，并没有授权许可期限直至“郑58”品种权保护期结束的内容。该《承诺书》是基于德农公司签订的《郑单958玉米杂交种种子生产、销售许可合同》约定的履行截止期限2010年7月1日尚未到期，德农公司只能凭借金博士公司出具的上述《承诺书》才能在剩余合同期限内继续开展“郑单958”生产、经营活动。
　　2010年金博士公司《招股说明书》披露的内容是，经协商2008年以后，金博士公司与农科院粮作所仍沿用以前相互授权模式，双方互签授权许可证，授权许可均从2009年1月1日至品种权保护期结束。该《招股说明书》披露的相互授权主体，仅对金博士公司和农科院及其所属公司有效，并不及于德农公司。
　　2010年4月23日德农公司与农科院签订了《玉米杂交种“郑单958”许可合同》及《补充协议》。从其内容和农科院自己对该《许可合同》《补充协议》的界定看：双方签订的是“郑单958”销售许可合同，而非生产许可合同。但德农公司生产“郑单958”品种，需其自行解决涉及第三方权益。
　　3．德农公司以2001年10月27日《联合声明》授权德农公司无偿使用郑58没有明确期限，得出“其可一直使用到保护期满”的结论是根本不能成立的。德农公司使用金博士公司的“郑58”品种而未向金博士公司支付任何费用，金博士公司有权终止对德农公司的授权许可。在金博士公司向德农公司发出不得使用“郑58”品种的函告后，德农公司继续使用即构成侵权。
　　二、一审判决德农公司的赔偿数额、计算方式完全正确，依据的证据充分，判决公平，符合最高院司法解释的规定。一审法院没有判令德农公司停止侵权，而是采用赔偿的方式，二审中金博士公司提交新证据四份，证明德农公司在一审判决后仍继续生产。
　　农科院述称，同意德农公司的上诉意见，德农公司不构成侵权，不应承担赔偿责任。
　　农科院上诉请求：1.请求撤销一审判决第二项，改判农科院不承担300万元连带赔偿责任。2.本案的诉讼费用由金博士公司承担。
　　事实和理由：一、本案中，农科院没有任何过错，一审法院判令农科院承担300万的连带赔偿责任错误，该判决没有事实根据和法律依据。二、一审判决书第36页认定，农科院对生产“郑单958”玉米杂交种制种过程中，必须取得“郑58”自交系品种权人授权许可是明知的。农科院在明知其不是“郑58”的品种权人、无权许可德农公司使用“郑58”生产“郑单958”的情况下，于2010年4月给德农公司出具《授权许可书》，德农公司依据该《授权许可书》取得生产“郑单958”的《农作物种子生产经营许可证》，而使用“郑58”生产“郑单958”玉米杂交种，侵害了金博士公司所享有的植物新品种权，农科院应对其过错行为承担相应的民事责任。一审判决的上述事实认定违背法律，逻辑错误。1.农科院对“郑单958”具有完整、合法、排他的植物新品种权权利，依照法律规定，完全有权根据经营需要进行品种权对外许可，不受其他单位和个人制约和限制，包括“郑58”品种权人的制约和限制。2.农科院对外许可“郑单958”品种权不必经过“郑58”品种权人的同意，这是法律规定，也是基本常识，一审法院判决却将“郑单958”品种权和“郑58”品种权二者进行混同，是逻辑错误。3.农科院许可德农公司生产“郑单958”品种权后出具《授权许可书》是法律允许的，农科院为德农公司出具《授权许可书》没有侵害金博士公司享有的“郑58”植物新品种权，农科院并没有许可德农公司使用“郑58”，本案中农科院无任何过错，不应承担任何连带赔偿责任。
　　金博士公司辩称，一审判决认定事实清楚，适用法律正确，应予维持；农科院的上诉理由不能成立，其上诉请求应予驳回。具体理由是：
　　一、农科院在《上诉状》中明确表明，其并没有许可德农公司使用“郑58”，使本案主要事实得以澄清，进一步证实一审判定德农公司侵犯“郑58”植物品种权是完全正确的。品种权人金博士公司也没有许可德农公司使用“郑58”，德农公司为商业目的、重复使用“郑58”生产“郑单958”玉米杂交种，就对金博士公司构成了侵权。
　　二、一审判决农科院在300万元范围内承担连带赔偿责任，定性准确，裁量适度，判决公正。农科院在《上诉状》中已表明，其充分尊重“郑58”品种权人的各项权利，并没有许可德农公司使用“郑58”，但又为德农公司出具了《授权委托书》，帮助德农公司取得了生产“郑单958”的《种子生产许可证》。致使德农公司几年来为商业目的，重复使用郑58生产经营郑单958玉米杂交种，并获取特别巨大的非法利益，严重侵犯了金博士公司享有的郑58品种权。对此，农科院有明显过错。
　　德农公司辩称，认可农科院的上诉意见，不认可金博士公司的答辩意见。
　　金博士公司向一审法院起诉请求：1.判令德农公司未经金博士公司许可擅自使用“郑58”玉米自交系繁育生产“郑单958”玉米杂交种的行为，侵犯了金博士公司享有的“郑58”植物新品种权，判令德农公司停止在全国范围内的一切侵权行为；2.判令德农公司赔偿金博士公司因其侵权行为获得的非法利润4950万元，赔偿金博士公司为调查、制止侵权行为而支出的合理费用2.5218万元，以上合计4952.5218万元；3.判令农科院对上述德农公司的侵权行为承担连带赔偿责任；4.诉讼费用由德农公司、农科院承担。
　　一审法院认定事实：2000年11月10日，全国农作物品种审定委员会第四次会议审定通过“郑单958”玉米杂交种的《审定证书》，认定该品种来源为：郑58/昌7-2。即“郑单958”品种是由“郑58”与“昌7-2”自交系品种杂交而成的。
　　2000年5月12日，飞龙公司向国家农业部申请名为“郑58”的植物新品种权，属或者种为玉米，培育人为张发林，品种权号为：CNA20000028.4，国家农业部于2002年1月1日予以授权。2007年1月飞龙公司将“郑58”的植物新品种权转让给培育人张发林。2008年12月18日，张发林将“郑58”转让给金博士公司，2009年第3期《农业植物新品种保护公报》予以公告。2014年7月9日，金博士公司缴纳年费3000元。
　　2004年12月11日，金博士公司与飞龙公司、堵纯信签订《关于合作开发玉米自交系郑58的协议》。协议内容如下：“郑58”是飞龙公司、堵纯信多年研究选育而成的优良玉米自交系。为加速“郑58”开发推广进程，利用金博士公司的资金和市场开发优势，使其尽快产生社会效益，合作开发的有关事宜达成以下协议：一、合作内容：“郑58”品种的保纯、繁殖和有偿使用。金博士公司每年按使用“郑58”生产“郑单958”的数量支付飞龙公司、堵纯信品种使用费（所支付数额为税后实得数）。飞龙公司、堵纯信与农科院作物所达成的“郑单958”经营权。双方共同组成“郑58”维权办公室，负责全权处理假冒、侵权等有关事宜。二、金博士公司的权利与义务：享有使用“郑58”生产“郑单958”的权利。享有飞龙公司、堵纯信与农科院作物所达成的“郑单958”经营权。“郑单958”种子用金博士公司名称和商标进行销售。有关宣传画、报刊、电视广告、录像带、光碟使用堵纯信先生照片，包装袋上使用其手书签名（式样和数量印前须经本人审查同意）。协议终止立即停止宣传和使用。按协议规定准时支付飞龙公司、堵纯信“郑58”品种使用费。品种使用费标准：按金博士公司销售的“郑单958”种子0.16元/公斤计算。支付的方法和时间：每年三月底以前双方协商确定生产数量并共同与基地签订制种合同（三方签字盖章后生效）。此时付给飞龙公司、堵纯信品种使用费总额30%，剩余部分于当年12月底前付清。每年6月底金博士公司实际经营数量与生产数量有差异的，已支付的品种使用费根据实际销量核准，多退少补。金博士公司每年使用飞龙公司、堵纯信专家提纯、保纯的“郑58”扩繁自交系，纯度经飞龙公司、堵纯信认可后再用于生产制种。承担经双方商定安排繁殖的“郑58”自交系的收购及费用，并承担经营风险。用“郑58”生产“郑单958”接受飞龙公司、堵纯信的技术指导（费用由金博士公司承担）。三、飞龙公司、堵纯信的权利与义务：负责“郑58”育种种子的提纯、繁殖（每年提供“郑58”母本100穗、昌7-2父本50穗）及金博士公司“郑单958”制种技术指导。有权在荥阳区域内每年销售金博士公司品牌的“郑单958”种子，数量不大于30万公斤，单价为金博士公司经营成本价（销售价必须执行金博士公司统一价格）。1.有权接受金博士公司按时支付的“郑58”品种使用费。2.除金博士公司外，另外三家使用“郑58”制种，由金博士公司销售的“郑58”（飞龙公司、堵纯信许可后）价格由飞龙公司、堵纯信确定，扣除金博士公司原来的收购与费用成本后收入归飞龙公司、堵纯信所有。3.飞龙公司法定代表人在协议有效期内任金博士公司副总经理（金博士公司以文件形式任命）。四、“郑58”品种维权：双方成立“郑58”维权办公室，金博士公司任主任，飞龙公司、堵纯信任副主任，负责公告、宣传及全权处理“郑58”品种权侵权事件有关的一切事宜。费用由金博士公司承担，取得收益后，双方按5：5分成（设立专门帐户，款到后一个月内分清并支付给飞龙公司、堵纯信）。本协议自2006年1月1日起至2012年6月种子销售季节结束为止。
　　2000年8月22日，农科院粮作所向国家农业部申请名为“郑单958”的植物新品种权，属或者种为玉米，培育人为堵纯信，品种权号为：CNA20000053.5，国家农业部于2002年1月1日予以授权。2010年第3期《农业植物新品种保护公报》公告农科院粮作所将“郑单958”转让给农科院。2014年4月17日，农科院粮作所缴纳年费4500元。
　　2001年5月26日，农科院粮作所与德农种业投资有限公司和其控股公司签订《郑单958玉米杂交种种子生产、销售许可合同》。合同第一条第1款：农科院粮作所许可德农种业投资有限公司和其控股公司生产和销售“郑单958”玉米杂交种种子，许可期限为2001年1月1日至2010年7月1日；第2款：农科院粮作所保证申请并取得“郑单958”玉米杂交种品种权，保证维持品种权至2010年7月；第3款：农科院粮作所不可向第三方许可生产和销售“郑单958”玉米杂交种种子，但农科院粮作所投资的一家种子企业（商标为“金娃娃”）和农科院种业公司（商标为“秋乐”）除外，农科院粮作所保证不允许这两家企业二次许可其它单位生产和销售“郑单958”玉米杂交种种子；第二条第1款：向农科院粮作所支付“郑单958”玉米杂交种许可生产和销售许可费共200万元人民币，分三次支付，其中，2001年5月30日前支出100万元，在农科院粮作所将其2001年的100万公斤“郑单958”杂交种种子的预约生产合同与制种基地协商后转让给德农种业投资有限公司和其控股公司后，德农种业投资有限公司和其控股公司再付给农科院粮作所50万元人民币，其余50万元人民币在农科院粮作所取得“郑单958”玉米杂交种品种权的公告公布后三个月内支付。
　　2001年10月27日，农科院粮作所与飞龙公司作出关于玉米新品种“郑单958”及其亲本“郑58”的联合声明：经协商，许可农科院粮作所科技有限公司（农科院研究所所属公司）、金博士公司（飞龙公司参股公司）、农科院种业有限公司、德农种业投资有限公司四家单位具有“郑单958”的生产和销售权以及“郑58”的生产和使用权。除以上四家单位外，不再许可其他单位和个人生产和销售“郑单958”玉米种及其亲本“郑58”。凡未经许可生产销售“郑单958”种子及其亲本“郑58”的属于侵权行为，将依法追究侵权行为人的法律责任。2001年11月8日，该联合声明刊发于《农民日报》。2003年3月9日，农科院粮作所与飞龙公司联合向各省、自治区、直辖市农业厅（局）、种子管理站呈报：“郑单958”玉米杂交种及亲本“郑58”已获国家植物新品种保护，品种权号CNA20000053.5和CNA20000028.4。其授权并且只授权农科院粮作所科技有限公司、金博士公司、农科院种业有限公司、德农种业投资有限公司四家公司生产、包装、经营使用。除此四家以外的任何单位和个人，均不在其授权生产之列，请不予办理生产许可证。对未办理生产许可证、或未经其许可办理生产许可证，进行“郑单958”杂交种和亲本“郑58”生产的单位及个人，均是对其和其授权经营的四家公司合法权利的粗暴侵权，恳请所在地的农业行政主管部门，予以严厉查处。
　　2006年12月15日，河南省高级人民法院作出（2006）豫法民三终字第30、31号判决书。判决如下：1、维持（2005）郑民三初字第329号、（2006）郑民三初字第108号民事判决第二项即驳回德农种业科技发展有限公司的诉讼请求以及诉讼费负担部分；2、变更（2005）郑民三初字第329号、（2006）郑民三初字第108号民事判决第一项为：德农种业投资有限公司与河南省农业科学院粮食作物研究所于2001年5月26日签订的《郑单958玉米杂交种种子生产、销售许可合同》项下的“郑单958”玉米杂交种使用权归德农公司享有。
　　2009年7月25日，金博士公司作出《承诺书》，载明：玉米杂交种“郑单958”的母本“郑58”于2002年1月1日获植物新品种权，品种权号为CNA20000028.4，现品种权单位为金博士公司。品种权单位承诺“郑单958”玉米杂交种的四家授权单位农科院种业有限公司、德农公司、金博士公司、农科院粮作所科技有限公司可以无偿使用“郑58”用于玉米杂交种“郑单958”的生产、经营活动。同日，金博士公司出具《授权书》，授权农科院粮作所科技有限公司无偿使用“郑58”，用于玉米杂交种“郑单958”的生产、经营活动，授权有效期至“郑58”自交系品种权保护期满为止。同日，金博士公司作出《承诺书》，承诺允许农科院及其所属研究机构和上述机构控股或实际控股的科技企业在科研育种和品种许可转让（利用“郑58”选育出的新品种对外许可转让）等科研、生产、经营活动中无偿使用。2009年7月28日，农科院及其下属农科院粮作所授权金博士公司无偿生产、经营“郑单958”，授权有效期至“郑单958”品种权保护期满为止。同日，农科院出具确认函：为解决“郑单958”及使用“郑58”生产“郑单958”的技术问题，农科院下属单位农科院粮作所作为“郑单958”的品种权人，其对金博士公司出具“郑单958”授权许可证符合相关规定，该授权合法、有效。2010年4月，金博士公司首次公开发行股票招股说明书披露：2008年12月，金博士公司受让了“郑58”品种权，经协商，金博士公司与农科院粮作所仍沿用以前相互授权模式，双方互签授权许可证，以保证双方均可合法经营“郑单958”及“郑58”，双方相互的授权许可均从2009年1月1日至品种权保护期结束。2009年1月1日，金博士公司授予农科院粮作所具有免费使用“郑58”科研培育新品种的权利，并在其自主研发通过审定的新品种许可第三方经营时，不再收取“郑58”使用费用。从内容看该招股说明书与金博士公司出具的承诺书及授权书是一致的。
　　2010年4月23日，农科院与德农公司签订《玉米杂交种“郑单958”许可合同》。合同约定：“郑单958”是农科院所属粮食作物研究所选育的玉米杂交种，该品种于2002年1月1日获植物新品种权（品种权号：CNA20000053.5），农科院所属单位为品种权人。第一条第1款：农科院许可德农公司销售“郑单958”玉米杂交种，许可期为2010年7月2日至2016年12月31日；第4款：农科院收取德农公司许可费用2000万元人民币；第5款：为维护“郑单958”的市场秩序，农科院有权对被许可企业的生产规模、市场维权、销售定价等进行协调，届时德农公司应予以配合。第二条第1款：德农公司在合同签订后5个工作日一次性支付农科院2000万元人民币。逾期未能支付上述款项，本合同即自行解除。第四条第1款：本合同所述“许可”是指对该杂交种的销售权许可，本合同未尽事宜，由双方另行协商补充确定；第3款：本合同期限：2010年7月2日至2016年12月31日。同日，农科院与德农公司签订《玉米杂交种“郑单958”许可补充协议》，协议第一条约定：对于德农公司为履行《玉米杂交种“郑单958”许可合同》而进行的“郑单958”制种生产，农科院无异议，但生产过程中涉及第三方权益时，应由德农公司负责解决。2010年4月28日，农科院出具《授权许可书》，兹授权许可德农公司生产和销售“郑单958”玉米杂交种种子，许可期限为：2010年7月2日至2016年12月31日。德农公司使用该《授权许可书》申请核发农作物种子生产经营许可证，2012年8月3日，甘农牧发﹝2012﹞321号《甘肃省农牧厅关于2012年第二季度核发农作物种子生产经营许可证的通告》附企业名单：北京德农种业有限公司张掖分公司享有“郑单958”的《农作物种子经营许可证》。
　　2011年3月17日，金博士公司向德农公司送达了向农业部呈报的《关于请求在“郑单958”玉米新品种种子繁育生产经营行政管理中依法保护“郑58”玉米自交系植物新品种权的报告》。显示：2010年德农公司重新与“郑单958”品种权人签订“郑单958”玉米品种权有偿许可使用合同，以2000万元使用费，取得了“郑单958”玉米品种的合法使用权。但是，德农公司至今未与金博士公司协商、签订“郑58”玉米自交系品种的有偿许可使用合同，所以，时至今日德农公司未取得“郑58”玉米自交系品种的合法使用权。为此，金博士公司紧急请求农业部植物新品种保护办公室和农业部各行政管理职能部门：1.出面帮助解决德农公司有偿、合法使用“郑58”玉米自系品种权问题，以稳定种子行业的经营秩序；2.对“郑单958”玉米杂交种生产、繁育过程中的“郑58”植物新品种权进一步加大保护力度，对未经品种权人许可，以商业为目的的生产、繁育、销售等侵权行为依法给予严厉制裁，以保护“郑58”植物新品种权的合法权利。2011年3月28日，德农公司回函金博士公司《北京德农种业有限公司关于拥有郑58玉米自交系使用权的说明》，载明：德农公司收到金博士公司《关于请求“郑单958”玉米新品种种子繁育生产经营行政管理中依法保护郑58玉米自交系植物新品种权的报告》，金博士公司称德农公司未取得“郑58”的合法使用权，事实是德农公司自2001年以来始终享有“郑58”的许可使用权，并不存在侵权问题。具体表现如下：1.德农公司获得了使用“郑58”生产“郑单958”的书面授权，该授权并没有终止。2001年10月27日，农科院粮作所和飞龙公司签发了《关于玉米新品种郑单958及其亲本郑58的联合声明》，该声明明确许可德农公司生产和使用“郑单958”和“郑58”，并且没有时间限制。在“郑单958”和“郑58”获得品种权授权之后，2003年3月9日，农科院粮作所和飞龙公司向各省、自治区、直辖市农业厅（局）、种子管理站发函，同时呈报农业部科技司、农业技术推广服务中心种子处，再次明确了授权德农公司生产、包装、经营使用“郑单958”和“郑58”。此间，尽管“郑58”的品种权人发生了变化，但这并不能改变德农公司已经享有的“郑58”使用权的客观事实，新的品种权人承继权利的同时，也承继了相应的义务。2.2001年5月26日，德农公司与农科院粮作所签署《郑单958玉米杂交种种子生产、销售许可合同》，在该合同中德农公司生产、销售“郑单958”玉米种子，授权期限截至2010年7月1日，双方均按合同约定履行各自权利与义务。2010年4月23日，德农公司再与农科院签署《玉米杂交种“郑单958”许可合同》，农科院授权德农公司“郑单958”生产、销售许可权延长至2016年12月31日，德农公司一次性支付延长期间的许可费2000万元。3.生产“郑单958”种子必须使用“郑58”，如果没有“郑58”的品种使用权，则“郑单958”的生产是不可能进行的，因此，在“郑单958”的授权经营实践中，“郑58”的生产使用权是附随的，这是“郑单958”前十年授权经营的具体实践，金博士公司的“声明”和“函件”就是对德农公司生产“郑单958”必须使用“郑58”品种的明确认可，金博士公司与德农公司以及农科院对此均无异议。在生产、销售“郑单958”许可权延期过程中，“郑58”的生产使用权则必然相附随。2010年4月，金博士公司、德农公司在与农科院磋商延长“郑单958”生产、销售许可权延期期间，金博士公司也未向德农公司提出使用“郑58”的任何异议，因此三方应该尊重“郑单958”品种生产必须使用“郑58”品种自然地逻辑关系，遵循前十年的交易惯例。因此，农科院授予德农公司生产、销售“郑单958”许可权的实质就包含着同意德农公司利用“郑58”生产“郑单958”种子，如果金博士公司对使用“郑58”有任何异议，不应该向德农公司提出，而是应当向农科院提出。
　　2011年5月10日，金博士公司函告德农公司：现金博士公司是“郑58”玉米自交系品种的唯一品种权人。依据“郑单958”玉米品种的《审定证书》，“郑单958”的品种来源为：郑58/昌7-2，即“郑单958”玉米杂交种是由“郑58”与“昌7-2”玉米自交系杂交而成的，只要生产繁育“郑单958”玉米杂交种，就必须使用“郑58”玉米自交系品种。经调查，2001年5月26日，德农公司与农科院签订《郑单958玉米杂交种种子生产、销售许可合同》取得“郑单958”“郑58”品种的许可使用权。但是，2010年7月1日该许可合同期满终止后，德农公司依据该许可合同取得的使用权也随该许可合同的终止而终止。2010年，德农公司又重新与“单958”种权人签订了“郑单958”品种有偿许可合同，重新取得“郑单958”品种的使用权，但德农公司至今未与金博士公司签订“郑58”品种的许可使用合同，未取得“郑58”玉米自交系品种的使用权。请德农公司速与金博士公司联系，尽快与金博士公司协商、签订“郑58”玉米自交系品种的有偿许可使用合同，以取得金博士公司“郑58”玉米自交系品种的合法使用权，同时，金博士公司也表示，任何单位或个人未经金博士公司书面授权许可，为商业之目的擅自使用“郑58”玉米自交系品种去生产、繁育“郑单958”玉米杂交种的行为，均构成对“郑58”玉米自交系品种权人的侵权，金博士公司将依法严厉追究侵权的法律责任。
　　2013年5月28日，北京德农种业有限公司张掖分公司（以下简称德农公司张掖分公司）与张掖甘州区沙井镇三号村村民委员会（以下简称甘州三号村委会）签订《甘肃省农作物种子生产示范合同》。合同第二条：预约生产的农作物种子品种、数量、质量、价格等。作物：玉米；品种：郑单958；面积：5100亩；数量：6120000公斤果穗；品种纯度≥98%；净度≥99%；发芽率≥95%；收购价格：2元/公斤果穗。第三条：繁育材料。作物：玉米；亲本名称（或代号）：郑58/昌7-2；品种纯度≥98%；净度≥99%；发芽率≥95%；水分≤13%；收购价格：6元/公斤。第五条第1款：根据本合同第二条的约定向甘州三号村委会有偿提供合格的繁育材料，繁育材料资金待兑付种子款时如数扣回。
　　2014年11月18日，甘肃省种子协会产业发展工作委员会出具《证明》，载明：经查，张掖地区2011年至2014年度玉米杂交种“郑单958”的市场收购价平均价格为鲜果穗2.2元/公斤，籽粒6元/公斤。2014年张掖市种子管理局出具《证明》，载明：我局从种子协会及种子生产企业收集的信息显示，张掖地区2011年至2014年度玉米杂交种“郑单958”的市场收购价平均价格为鲜果穗2.2元/公斤，籽粒6元/公斤。2014年张掖市种子行业协会出具《证明》，载明：张掖地区2011年至2014年度玉米杂交种“郑单958”的市场收购价平均价格为鲜果穗2.2元/公斤，籽粒6元/公斤。2014年11月17日，武威市种子管理站出具《证明》，载明：我站从种子协会及种子生产企业收集的信息显示，武威地区2011年至2014年度玉米杂交种“郑单958”的市场收购价平均价格为鲜果穗2.2元/公斤，籽粒6元/公斤。2014年11月17日，武威市凉州区种子协会出具《证明》，载明：经查，武威地区2011年至2014年度玉米杂交种“郑单958”的市场收购价平均价格为鲜果穗2.2元/公斤，籽粒6元/公斤。综上，“郑单958”的市场收购均价为6元/公斤。
　　一审法院经金博士公司申请到甘肃省植保植检站调取德农公司的调运检疫证。甘肃省植保植检站出具的《2010年10月至2014年5月植物检疫证》显示：2010年10月至2014年5月，德农公司实际生产发运“郑单958”种子共计91128850公斤，扣除2011年11月之前的37344250公斤，综上，德农公司自2011年11月至2014年5月共调运“郑单958”玉米杂交种共计53784600公斤。
　　经金博士公司申请一审法院到山东省德州市的山东正道招标有限公司调取由德州市政府采购管理办公室监制的2012年4月14日，山东宁津县农业局、宁津县财政局与德农公司签订编号为2012-49号政府采购合同，合同第二条：德农公司应严格按照以下要求向项目区供应经过机械包衣的玉米良种：品种“郑单958”，供种面积30000亩，良种数量30000袋，规格4800粒/袋。供种款全部由财政补贴，确保良种无偿供给项目区农户。第三条：合同总金额：人民币86.7万元；良种成交综合单价：28.9元/亩。4月19日，山东省德州市鲁北公证处对上述合同作出（2012）德鲁北证经字第727号《公证书》予以确认。2012年4月14日，山东庆云县农业局、庆云县财政局与德农公司签订编号为2012-50号政府采购合同，合同第二条：德农公司应严格按照以下要求向项目区供应经过机械包衣的玉米良种：品种“郑单958”，供种面积20000亩，良种数量20000袋，规格4800粒/袋。供种款全部由财政补贴，确保良种无偿供给项目区农户。第三条：合同总金额：人民币57.8万元；良种成交综合单价：28.9元/亩。4月19日，山东省德州市鲁北公证处对上述合同作出（2012）德鲁北证经字第728号《公证书》予以确认。2013年5月2日，山东平原县农业局、平原县财政局（出资方）与德农公司签订编号为2013-17号政府采购合同，合同第二条：德农公司应严格按照以下要求向项目区供应经过机械包衣的玉米良种：品种“郑单958”，供种面积40000亩，良种数量40000袋，规格4800粒/袋。供种款全部由财政补贴，确保良种无偿供给项目区农户。第三条：合同总金额：人民币116万元；良种成交综合单价：29元/亩。5月9日，山东省德州市鲁北公证处对上述合同作出（2013）德鲁北证经字第848号《公证书》予以确认。2013年5月2日，山东乐陵市农业局、乐陵市财政局（出资方）与德农公司签订编号为2013-18号政府采购合同，合同第二条：德农公司应严格按照以下要求向项目区供应经过机械包衣的玉米良种：品种“郑单958”，供种面积20000亩，良种数量20000袋，规格4800粒/袋。供种款全部由财政补贴，确保良种无偿供给项目区农户。第三条：合同总金额：人民币58万元；良种成交综合单价：29元/亩。5月9日，山东省德州市鲁北公证处对上述合同作出（2013）德鲁北证经字第847号《公证书》予以确认。2013年5月2日，山东武城县农业局、武城县财政局（出资方）与德农公司签订编号为2013-19号政府采购合同，合同第二条：德农公司应严格按照以下要求向项目区供应经过机械包衣的玉米良种：品种“郑单958”，供种面积30000亩，良种数量30000袋，规格4800粒/袋。供种款全部由财政补贴，确保良种无偿供给项目区农户。第三条：合同总金额：人民币87万元；良种成交综合单价：29元/亩。5月9日，山东省德州市鲁北公证处对上述合同作出（2013）德鲁北证经字第846号《公证书》予以确认。综上，“郑单958”的市场销售均价为14.45元/公斤。
　　另查明：
　　1.2002年6月18日，德农种业投资有限公司更名为德农种业科技发展有限公司。同年10月21日，德农种业科技发展有限公司与喀喇沁旗种子公司等4家公司及李凤学等15位自然人共同出资设立赤峰德农公司。同年11月22日，赤峰德农公司名称变更为德农种业有限公司。
　　2.2014年9月23日，中国种子协会于长沙召开的“五届七次常务理事会”通过了《玉米育种成果收益分配指导意见》。为保护玉米亲本和品种育种人的权益，协会在大量调研的基础上并广泛征求了会员的业内专家的意见，通过了玉米育种成果收益分配比例方案：父本者：母本者：育成人的权益比例为3：3：4。即父本和母本各占30%，组配者占40%。会议认为，这个分配比例目前在我国比较合理。一致同意将此比例作为中国种子协会行业指导意见，供在品种经营权交易时参照，不对品种权交易中各方自行商议权构成影响。
　　一审法院认为：通过审理好植物新品种权案件，切实加大植物新品种权司法保护力度，可以激励农业科技创新，促进农业发展。法发[2009]16号最高人民法院印发《关于贯彻实施国家知识产权战略若干问题的意见》的通知中强调：1、强化农业知识产权保护，依法保护植物新品种权和育种技术，加大对具有自主知识产权的重大农业科技成果和植物新品种权的保护力度，合理调节资源提供者、育种者、生产者和经营者之间的利益关系，激励农业科技创新，推动现代农业经营方式的转变，促进农业发展，保护农民利益，维护农村稳定，保障社会主义新农村建设。2、在审理植物新品种权案件中，要准确掌握植物新品种侵权判定标准，以繁殖材料承载的性状特征确定品种权的保护范围，以生产、销售或者重复使用授权品种的繁殖材料为侵权行为方式。3、依法判定民事责任，保障权利人利益的实现，合理平衡权利人与社会公众的利益关系。
　　本案当事人争议的焦点问题在于：1.德农公司是否侵犯了金博士公司享有的“郑58”植物新品种权的问题；2.金博士公司要求德农公司停止侵权的问题；3.农科院是否承担连带责任的问题。4.赔偿数额的计算问题。
　　一、关于德农公司是否侵犯了金博士公司享有的“郑58”植物新品种权问题。
　　2000年11月10日，全国农作物品种审定委员会第四次会议审定通过“郑单958”玉米杂交种的《审定证书》，认定“郑单958”品种是由“郑58”与“昌7-2”自交系品种杂交而成的。2000年5月12日，飞龙公司向国家农业部申请名为“郑58”的植物新品种权，属或者种为玉米，品种权号为：CNA20000028.4，国家农业部于2002年1月1日予以授权。2007年1月飞龙公司将“郑58”的植物新品种权转让给培育人张发林。2008年12月18日，张发林将“郑58”的植物新品种权转让给金博士公司。2014年7月9日，金博士公司缴纳年费3000元，其合法权益应受法律保护。依据植物新品种保护条例第六条规定：“完成育种的单位或者个人对其授权品种，享有排他的独占权。任何单位或者个人未经品种权所有人许可，不得为商业目的生产或者销售该授权品种的繁殖材料，不得为商业目的将该授权品种的繁殖材料重复使用于生产另一品种的繁殖材料；但是，本条例另有规定的除外。”
　　本案中，德农公司辩称金博士公司在2001年10月27日《联合声明》、2009年7月25日《承诺书》、2010年《招股说明书》已经授权其使用“郑58”直至品种保护期结束，不存在侵权。农科院亦辩称德农公司已经取得“郑58”品种权人的授权许可，可以无偿使用“郑58”从事生产、经营活动，且没有时间限制，认为德农公司使用“郑58”法的，不构成侵权。一审法院认为该意见不能成立，理由如下：
　　1.2001年5月26日，德农种业投资有限公司和其控股公司与农科院粮作物所签订的《郑单958玉米杂交种种子生产、销售许可合同》。合同约定：德农种业投资有限公司和其控股公司获取生产、销售“郑单958”米杂交种的许可期限为2001年1月1日至2010年7月1日止，许可使用费为人民币200万元整。2.2001年10月27日，农科院粮作所和飞龙公司共同发布了《关于玉米新品种郑单958及其亲本郑58的联合声明》。声明许可农科院粮作所科技有限公司、金博士公司、农科院种业有限公司、德农种业投资有限公司四家单位具有“郑单958”的生产和销售权以及“郑58”的生产和使用权。该《联合声明》没有明确的使用期限。《联合声明》是在农科院粮作所与德农种业投资有限公司和其控股公司双方缔约履行《郑单958玉米杂交种种子生产、销售许可合同》过程中出现的文件，效力也应限于该合同的十年期限。因为，2001年10月27日《联合声明》许可农科院粮作所科技有限公司、金博士公司、农科院种业有限公司、德农种业投资有限公司四家单位具有“郑单958”的生产和销售权以及“郑58”的生产和使用权，而到了2010年4月23日，随着农科院与中国种子集团有限公司（以下简称中种集团）《玉米杂交种“郑单958”许可合同》及其《补充协议》的签订，“郑单958”有权销售单位由原来的4家变为5家，若《联合声明》无期限，那么中种集团不可能加入。正是十年期限即将到期，《联合声明》对以上四家许可授权的效力也将终止，2010年4月23日，才会出现农科院与中种集团签订《玉米杂交种“郑单958”许可合同》，中种集团的加入更进一步证明《联合声明》是有期限的，其期限应当适用2001年5月26日德农种业投资有限公司和其控股公司与农科院粮作物所签订的《郑单958玉米杂交种种子生产、销售许可合同》的期限约定，即2001年1月1日至2010年7月1日止。3.2003年3月9日，飞龙公司与农科院粮作所向全国各省、自治区、直辖市农业厅（局）、种子管理站发出“公告”，公告声明农科院粮作所科技有限公司、金博士公司、农科院种业有限公司、德农种业投资有限公司可以生产、包装、经营使用“郑58”。2003年度，以上四家公司安排的“郑单958”杂交种生产基地，烦请给予办理生产许可证，除此四家以外的任何单位和个人，均不在授权生产之列，不予办理生产许可证。该公告同样是基于农科院粮作所与德农种业投资有限公司和其控股公司双方履行《郑单958玉米杂交种种子生产、销售许可合同》过程中出现的文件，因此，德农公司对“郑单958”和“郑58”两个授权品种的使用权期限应当按照合同约定的许可使用期限执行，即到2010年7月1日终止。4.2006年12月15日，河南省高级人民法院作出（2006）豫法民三终字第30、31号判决书。德农公司继受取得2001年5月26日德农种业投资有限公司和其控股公司与农科院粮作物所签订的《郑单958玉米杂交种种子生产、销售许可合同》项下的“郑单958”玉米杂交种使用权。5.2008年以后金博士公司作为“郑58”新的品种权人，于2009年7月25日出具了《授权书》和《承诺书》，授权农科院粮作所科技有限公司、农科院及其所属研究机构和上述机构控股或者实际控股的科技企业无偿使用“郑58”用于玉米杂交种“郑单958”的生产、经营活动，直至在“郑58”自交系品种权保护期满为止。同日，对德农公司出具的《承诺书》，只是许可德农公司可以无偿使用“郑58”用于“郑单958”的生产、经营活动，没有授权许可期限直至郑58植物品种权保护期结束。该承诺书是金博士公司基于德农种业投资有限公司和其控股公司与农科院粮作物所签订的《郑单958玉米杂交种种子生产、销售许可合同》尚未到期，仍在履行中，德农公司凭借该《承诺书》能在合同期内继续开展“郑单958”的生产、经营活动，直至2010年7月1日合同终止。6.2010年《招股说明书》披露经协商，2008年以后金博士公司与农科院粮作所仍沿用以前相互授权模式，双方互签授权许可证，授权许可均从2009年1月1日至品种权保护期结束。该《招股说明书》披露的相互授权仅对农科院及其所属公司与金博士公司有效，并不及于德农公司。综上，金博士公司没有明确授权德农公司使用“郑58”生产“郑单958”玉米种子的许可期限直至品种权保护期结束。《联合声明》《招股说明书》及对德农公司的《承诺书》是基于2001年5月26日农科院粮作所与德农种业投资有限公司和其控股公司签订的《郑单958玉米杂交种种子生产、销售许可合同》中约定的权利、义务而发布的，许可使用期限应当适用《郑单958玉米杂交种种子生产、销售许可合同》中的约定，即到2010年7月1日终止。合同终止后，德农公司若继续使用“郑58”品种，必须重新取得“郑58”品种权人许可，德农公司未取得金博士公司的授权许可，金博士公司向德农公司发送《函告》，德农公司仍继续使用“郑58”自交系生产“郑单958”对金博士公司构成了侵权，因此对德农公司辩称其并未侵犯金博士公司“郑58”玉米自交系植物新品种权理由不成立，不予采纳。
　　二、金博士公司要求德农公司停止侵权的问题。法发[2009]23号最高人民法院印发《关于当前经济形势下知识产权审判服务大局若干问题的意见》的通知第15条指出，知识产权诉讼制度要充分发挥停止侵害的救济作用，妥善适用停止侵害责任，有效遏制侵权行为。根据当事人的诉讼请求、案件的具体情况和停止侵害的实际需要，与侵权行为的严重程度相当，且不能造成不必要的损失。如果停止有关行为会造成当事人之间的重大利益失衡，或者有悖社会公共利益，或者实际上无法执行，可以根据案件具体情况进行利益衡量，不判决停止行为，而采取更充分的赔偿或者经济补偿等替代性措施了断纠纷。
　　一审法院考虑到加强植物新品种权保护有助于推动国家三农政策，德农公司已经取得“郑单958”品种权人的授权许可，并已支付相应的使用费，因培育“郑单958”玉米品种仍需要使用亲本“郑58”植物新品种权，德农公司为生产“郑单958”花费了大量的人力物力，若禁止德农公司使用亲本“郑58”生产“郑单958”玉米品种，将造成巨大的经济损失，通过支付一定的赔偿费能够弥补金博士公司的损失。综合以上因素，故对金博士公司要求德农公司停止使用“郑58”生产“郑单958”玉米品种的请求，不予支持。
　　三、关于农科院是否承担连带责任的问题。2009年7月25日，金博士公司与农科院签订的《授权书》及《承诺书》，农科院有权无偿使用郑58，用于玉米杂交种“郑单958”的生产、经营活动，授权有效期至“郑58”自交系品种权保护期满为止。2009年7月28日，农科院及其下属金娃娃公司授权金博士公司有权无偿生产、经营“郑单958”，授权有效期至“郑单958”品种权保护期满为止。
　　农科院和德农公司于2010年4月23日签订的《玉米杂交种“郑单958”许可合同》第一条第1款、第四条第1款以及同日签订的《补充协议》第一条均明确约定：农科院授予德农公司“郑单958”的销售权，本合同所称的许可是指销售许可，对于生产“郑单958”过程中涉及第三方的权益，由德农公司负责解决。上述合同及补充协议说明，农科院对生产“郑单958”玉米杂交种制种过程中，必须取得“郑58”自交系品种权人授权许可是明知的。农科院在明知其不是“郑58”的品种权人、无权许可德农公司使用“郑58”生产“郑单958”的情况下，于2010年4月给德农公司出具《授权许可书》，德农公司依据该《授权许可书》取得生产“郑单958”的《农作物种子生产经营许可证》，而使用“郑58”生产“郑单958”玉米杂交种，侵害了金博士公司所享有的植物新品种权，农科院应对其过错行为承担相应的民事责任。
　　四、关于赔偿损失的数额问题。法发[2007]1号最高人民法院印发《最高人民法院关于全面加强知识产权审判工作为建设创新型国家提供司法保障的意见》的通知第13条指出，依法加大侵权赔偿和民事制裁力度，严格知识产权侵权损害赔偿适用规则，贯彻全面赔偿原则，努力降低维权成本，加大民事制裁的威慑力度。依法适当减轻权利人的赔偿举证责任；有证据证明侵权人在不同时间多次实施侵权行为的，推定其存在持续侵权行为，相应确认其赔偿范围；当事人为诉讼支付的符合规定的律师费，应当根据当事人的请求，综合考虑其必要性、全部诉讼请求的支持程度、请求赔偿额和实际判赔额的比例等因素合理确定，并计入赔偿范围；考虑当事人的主观过错确定相应的赔偿责任。
　　法发[2009]23号最高人民法院印发《关于当前经济形势下知识产权审判服务大局若干问题的意见》的通知第16条指出，侵权赔偿要增强损害赔偿的补偿、惩罚和威慑效果，降低维权成本，提高侵权代价。在确定损害赔偿时要善用证据规则，全面、客观地审核计算赔偿数额的证据，充分运用逻辑推理和日常生活经验，对有关证据的真实性、合法性和证明力进行综合审查判断，采取优势证据标准认定损害赔偿事实。主要选用侵权受损或者侵权获利方法计算赔偿，尽可能避免简单适用法定赔偿方法。对于难以证明侵权受损或侵权获利的具体数额，但有证据证明前述数额明显超过法定赔偿最高限额的，应当综合全案的证据情况，在法定最高限额以上合理确定赔偿额。除法律另有规定外，在适用法定赔偿时，合理的维权成本应另行计赔。适用法定赔偿时要尽可能细化和具体说明各种实际考虑的酌定因素，使最终得出的赔偿结果合理可信。根据权利人的主张和被告无正当理由拒不提供所持证据的行为推定侵权获利的数额，要有合理的根据或者理由，所确定的数额要合情合理，具有充分的说服力。参照许可费计算赔偿时，充分考虑正常许可与侵权实施在实施方式、时间和规模等方面的区别，并体现侵权赔偿金适当高于正常许可费的精神。
　　根据《最高人民法院关于审理侵犯植物新品种权纠纷案件具体应用法律问题的若干规定》第六条第二款规定，人民法院可以根据被侵权人的请求，按照被侵权人因侵权所受损失或者侵权人因侵权所得利益确定赔偿数额。被侵权人请求按照植物新品种实施许可费确定赔偿数额的，人民法院可以根据植物新品种实施许可的种类、时间、范围等因素，参照该植物新品种实施许可费合理确定赔偿数额。本案中：1、依据甘肃省植保植检站出具的德农公司调运“郑单958”玉米杂交种《2010年10月至2014年5月植物检疫证》统计2011年11月至2014年5月，德农公司调运“郑单958”玉米杂交种共计53784600公斤。德农公司与山东省各地政府签署的《政府采购合同》约定的“郑单958”的销售价格约为14.45元/公斤，甘肃省种子协会产业发展工作委员会、张掖市种子管理局、张掖市种子行业协会、武威市种子管理站、武威市凉州区种子协会证明收购“郑单958”玉米种6元/公斤，按照销售价格（14.45元/公斤）减去购入价格（6元/公斤）计算德农公司销售“郑单958”的毛利润为8.45元/公斤，综合考虑其生产、加工、包装、运输、储存、管理等经营费用，并参照行业平均利润率20%的标准，酌情确定德农公司销售“郑单958”的合理利润为3元/公斤，德农公司2011年11月至2014年5月期间经营“郑单958”获利为53784600公斤×3元/公斤＝161353800元；2、2009年7月25日金博士公司授权河南农科院粮作所科技有限公司无偿使用“郑58”，用于玉米杂交种“郑单958”的生产、经营活动，授权有效期至“郑58”自交系品种权保护期满为止，2009年7月28日，农科院及其下属粮食作物研究所授权金博士公司有权无偿生产、经营“郑单958”，授权有效期至“郑单958”品种权保护期满为止。2010年4月23日农科院许可德农公司销售“郑单958”玉米杂交种，许可期为2010年7月2日至2016年12月31日，农科院收取德农公司许可费用2000万元人民币；3、2014年9月23日中国种子协会五届七次常务理事会通过的《玉米育种成果收益分配指导意见》载明玉米育种成果收益分配比例方案：父本者：母本者：育成人的权益比例为3：3：4，即父本和母本各占30%，组配者占40%，以此计算德农公司2011年11月至2014年5月期间经营“郑单958”的161353800元获利中“郑58”的贡献额为48406140元；4、2010年4月农科院向德农公司出具《授权许可书》，德农公司依据该《授权许可书》取得生产郑单958《农作物种子经营许可证》，金博士公司要求德农公司停止使用“郑58”生产“郑单958”玉米品种的请求可以通过加大补偿予以解决。对上述事实德农公司均未提交任何反证予以否定，德农公司辩称其在2011年11月至2014年5月期间调运的53784600公斤“郑单958”玉米杂交种有大量没有进入流通环节，不是其实际销售数量，也未提交相关证据予以证明。
　　综合上述因素，一审法院认为：侵权赔偿要增强损害赔偿的补偿、惩罚和威慑效果，降低维权成本，提高侵权代价，贯彻全面赔偿原则。德农公司对其未取得“郑58”的合法授权而使用“郑58”繁育生产“郑单958”玉米品种的侵权行为是明知的，其存在主观过错，德农公司使用“郑58”繁育生产“郑单958”玉米品种获利巨大，德农公司在不停止使用“郑58”玉米品种生产玉米杂交种“郑单958”的情形下，至“郑58”保护期满德农公司获利将远远超过金博士公司请求赔偿的数额4950万元。鉴于金博士公司诉讼请求的赔偿数额仅为4950万元，对其该项诉讼请求本院予以支持。植物新品种司法解释第六条规定法定赔偿适用时将维权费用考虑进去，并不意味着不适用法定赔偿时就不能另行计算维权费用，参照《中华人民共和国专利法》第五十六条第一款关于“赔偿数额还应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支”的规定，对于金博士公司主张的德农公司赔偿其维权费用的诉讼请求，综合考虑全案具体情况，酌情确定金博士公司为制止侵权行为所支付的调查费、律师费等合理开支为2万元。农科院根据其过错程度在300万元范围内对德农公司的上述赔偿数额承担连带赔偿责任。
　　综上，依照《中华人民共和国植物新品种保护条例》第六条、第三十九条第一款，最高人民法院《关于审理侵犯植物新品种权纠纷案件具体应用法律问题的若干规定》第六条，《中华人民共和国侵权责任法》第二条、第九条、第十四条、第十五条第一款第（六）项、《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款之规定，判决如下：一、德农公司于本判决生效之日起十日内赔偿金博士公司四千九百五十万元及因制止侵权行为所支付的合理开支二万元；二、农科院对上述赔偿在三百万元范围承担连带责任；三、驳回金博士公司的其他诉讼请求。如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。本案案件受理费289426元，由德农公司负担。
　　本院二审期间，当事人围绕上诉请求依法提交了证据。本院组织当事人进行了证据交换和质证。本院二审审理查明的事实除与原审法院查明的事实相同外，另查明：
　　一、2010年4月23日农科院在与德农公司签订《玉米杂交种“郑单958”许可合同》和《玉米杂交种“郑单958”许可补充协议》的同一天，农科院与中种集团也签订了内容相同的《玉米杂交种“郑单958”许可合同》和《玉米杂交种“郑单958”许可补充协议》，农科院向中种集团收取了2000万元的许可费。
　　二、金博士公司为了证明德农公司在2014年以后仍在使用“郑58”，生产、销售“郑单958”玉米杂交种，向本院提交了如下四份新证据：
　　（一）2016年6月8日河北省献县公证处出具的第507号《公证书》。该公证书内容如下：
　　河南金博士公司献县分公司于二○一六年六月八日向我处申请保全证据公证。申请人向我处提供了以下证明材料：一、营业执照（副本），二、授权委托书，三、闫忠明、马飞飞、牛宝玉的身份证，四、植物新品种权证书，五、（2014）郑知民初字第720号民事判决书。我处对申请人提供的材料进行了初步审查，并于当日受理了该公证事项。本公证员就该公证事项的相关情况分别对申请人的委托代理人马飞飞、牛宝玉进行了询问，对有关保全证据公证的法律意义和法律后果进行了告知。
　　根据《中华人民共和国公证法》和《公证程序规则》的规定，二○一六年六月八日十时二十八分，本公证员与我处工作人员吕闯及申请人的委托代理人马飞飞一同来到位于河北省献县东升路32号的北京德农种业献县总经销门市部，马飞飞以普通消费者身份购买包装袋上标注有“北京德农种业有限公司”字样的“郑单958”两袋，并从该门市部当场取得《沧州市农作物种子质量监督卡》一张，马飞飞的购物过程由本公证员和我处工作人员吕闯现场监督。本公证员对购物场所进行了拍照。购买行为结束后，本公证员对所购物品在献县公证处进行了拍照，并加盖封签，所购物品交由申请人保管。
　　兹证明与本公证书相粘连的《沧州市农作物种子质量监督卡》复印件与当场取得的原件相符；所附照片7张为本公证员现场拍摄，由献县电业楼下的时尚数码相机商城冲印；照片数据由献县电影楼下的时尚数码相机商城耿文件刻录成光盘一张保存于我处；所购物品交由申请人保管。
　　附件：1.《沧州市农作物种子质量监督卡》复印件一份一页；2.照片7张。
　　（二）2016年6月7日金博士公司在河北省邯郸市富民种业购买德农公司生产的“郑单958”玉米杂交种子实物、购货凭证（生产日期2015年10月）。
　　（三）2016年6月7日金博士公司在山东省章丘市种业有限公司购买德农公司生产的“SPK”“郑单958”玉米杂交种子实物、购货凭证（生产日期2015年10月）。
　　（四）2016年6月8日金博士公司在沈阳富丰种业有限公司购买德农公司生产的“郑单958”玉米杂交种子实物、购货凭证。（生产日期2015年10月）。
　　德农公司对上述证据的质证意见为，对于金博士公司提交的公证书的真实性没有异议，但是对于其关联性有异议，认为该证据与本案没有关联性。对其他证据不发表意见。
　　农科院对上述证据不发表意见。
　　本院对上述证据的认证意见为，这些证据是一审判决作出之后形成的证据，可以作为新证据使用，这些证据能够证明，2014年以后德农公司仍然生产、销售“郑单958”的事实存在，本院对上述证据所证明的事实予以认可。
　　根据各方当事人上诉、答辩情况，并征询当事人同意，本院归纳本案二审争议焦点为：一、德农公司是否侵犯了金博士公司对“郑58”享有的植物新品种权？二、如构成侵害植物新品种权，一审判决认定的赔偿数额是否适当？三、农科院应否在三百万元的范围内承担连带责任？
　　本院认为，一、关于德农公司是否侵犯了金博士公司对“郑58”享有的植物新品种权问题。认定德农公司是否侵犯金博士公司对“郑58”享有的植物新品种权取决于，德农公司在使用“郑58”生产繁育“郑单958”时是否取得了“郑58”权利人的许可。具体而言，这一问题的关键在于如何对2001年5月26日《郑单958玉米杂交种种子生产、销售许可合同》、2001年10月27日《联合声明》、2003年3月9日《公告》、2009年7月25日《授权书》、2009年7月25日《承诺书》、2010年《招股说明书》、2010年4月23日《玉米杂交种“郑单958”许可合同》和2010年4月23日《玉米杂交种“郑单958”许可补充协议》的理解。对上述合同等的理解应根据这些合同等的内容、目的、履行过程、诚实信用等进行整体理解、综合分析。具体而言：
　　（一）德农公司要生产繁育“郑单958”玉米杂交种，不仅应得到“郑单958”植物新品种人农科院的同意，还应得到“郑58”植物新品种权人金博士公司的同意。《植物新品种保护条例》第六条规定，完成育种的单位或者个人对其授权品种，享有排他的独占权。任何单位或者个人未经品种权所有人许可，不得为商业目的生产或者销售该授权品种的繁殖材料，不得为商业目的将该授权品种的繁殖材料重复使用于生产另一品种的繁殖材料；但是，本条例另有规定的除外。在本案中，2002年1月1日农业部授予飞龙公司为“郑58”的植物新品种权人，2007年1月飞龙公司将“郑58”的植物新品种权转让给张发林，2008年12月18日张发林又将“郑58”的植物新品种权转让给金博士公司。2000年8月22日农科院粮作所向国家农业部申请名为“郑单958”的植物新品种权，国家农业部于2002年1月1日予以授权。2010年第3期《农业植物新品种保护公报》公告农科院粮作所将“郑单958”转让给农科院。金博士公司作为“郑58”的植物新品种的权利人，其合法权益应受法律保护。2000年11月10日全国农作物品种审定委员会第四次会议审定通过“郑单958”玉米杂交种的《审定证书》，认定“郑单958”品种是由母本“郑58”与父本“昌7-2”自交系品种杂交而成。即只要生产繁育“郑单958”玉米杂交种，就必须使用“郑58”玉米自交系品种。因此，依据《植物新品种保护条例》第六条的规定，德农公司要生产繁育“郑单958”玉米杂交种，不仅应得到“郑单958”植物新品种人农科院（原权利人为农科院粮作所）的同意，还应得到“郑58”植物新品种权人金博士公司的同意。
　　（二）关于德农公司主张的“金博士公司在对农科院使用郑58生产、经营郑单958的许可范围之中，已包含农科院允许德农公司使用郑58生产郑单958的权利、即使不包含该项权利，德农公司也不构成侵权”是否成立的问题。如上所述，“郑单958”品种是由母本“郑58”与父本“昌7-2”自交系品种杂交而成。即只要生产繁育“郑单958”玉米杂交种，就必须使用“郑58”玉米自交系品种。因此，德农公司要为商业目的生产繁育“郑单958”玉米杂交种，不仅应得到“郑单958”植物新品种人农科院（原权利人为农科院粮作所）的同意，还应得到“郑58”植物新品种权人金博士公司的同意。农科院作为“郑单958”的植物新品种权人，虽然有权许可他人生产“郑单958”植物新品种，但农科院不是“郑58”植物新品种权人，金博士公司才是“郑58”植物新品种权人。在金博士公司没有授权农科院许可他人使用“郑58”植物新品种权的前提下，农科院没有权利许可任何人使用“郑58”植物新品种权。如果农科院为了商业目的将玉米新品种“郑58”植物新品种的繁殖材料重复使用于生产玉米新品种“郑单958”的繁殖材料，授权给德农公司使用，则必须经过“郑58”权利人金博士公司的同意。因此，德农公司主张的“金博士公司在对农科院使用郑58生产、经营郑单958的许可范围之中，已包含农科院允许德农公司使用郑58生产郑单958的权利”的上诉理由不能成立，予以驳回。
　　（三）关于应如何对2001年5月26日《郑单958玉米杂交种种子生产、销售许可合同》、2001年10月27日《联合声明》、2003年3月9日《公告》、2009年7月25日《授权书》、2009年7月25日《承诺书》、2010年《招股说明书》、2010年4月23日《玉米杂交种“郑单958”许可合同》和2010年4月23日《玉米杂交种“郑单958”许可补充协议》进行解释和理解的问题。
　　1.关于2001年5月26日《郑单958玉米杂交种种子生产、销售许可合同》的问题。2001年5月26日德农种业投资有限公司和其控股公司与农科院粮作物所签订的《郑单958玉米杂交种种子生产、销售许可合同》，其中约定：德农种业投资有限公司和其控股公司获取生产、销售“郑单958”玉米杂交种的许可期限为2001年1月1日至2010年7月1日止，许可使用费为人民币200万元整。在该许可合同中，作为“郑单958”权利人的农科院粮作所仅许可德农种业投资有限公司等生产、销售“郑单958”并有十年期限的明确约定。
　　2.关于2001年10月27日《联合声明》的问题。二审庭审中，德农公司补充以下上诉意见，“《联合声明》确定的相互授权模式，决定了该《联合声明》的效力期限不可能是品种权到期之前的某一具体日期；《联合声明》发布于2001年5月26日农科院与德农公司《郑单958玉米杂交种种子生产、销售许可合同》之后，并不意味着《联合声明》的效力即应受限于该合同的约定；2010年4月23日中种集团被许可成为第五家郑单958有权销售单位的事实，并不能证明《联合声明》的效力期限截止于2010年7月1日；其他证据也佐证了《联合声明》的效力并不受限于十年期限。《联合声明》未限定效力期限。因此，一审判决将《联合声明》认定为有确定期限是错误的。”2001年10月27日作为“郑单958”植物新品种权的原权利人农科院粮作所和作为“郑58”植物新品种权的原权利人飞龙公司共同发布《关于玉米新品种郑单958及其亲本郑58的联合声明》。该声明许可农科院粮作所科技有限公司、金博士公司、农科院种业有限公司、德农种业投资有限公司四家单位具有“郑单958”的生产和销售权以及“郑58”的生产和使用权。从《联合声明》可以明确看出，作为“郑单958”植物新品种权的原权利人的农科院粮作所和作为“郑58”植物新品种权原权利人的飞龙公司，共同许可农科院粮作所科技有限公司、金博士公司、农科院种业有限公司、德农种业投资有限公司四家单位具有“郑单958”的生产和销售权以及“郑58”的生产和使用权，对使用期限没有明确规定。
　　虽然，德农公司在上诉中主张：“《联合声明》确定的相互授权模式，决定了该《联合声明》的效力期限不可能是品种权到期之前的某一具体日期；《联合声明》发布于2001年5月26日农科院与德农公司《郑单958玉米杂交种种子生产、销售许可合同》之后，并不意味着《联合声明》的效力即应受限于该合同的约定。其他证据也佐证了《联合声明》的效力并不受限于十年期限。《联合声明》未限定效力期限。”
　　但是，从德农公司的实际行为看，其却在《联合声明》十年期限到来之前不仅与农科院签订了《玉米杂交种“郑单958”许可合同》和《玉米杂交种“郑单958”许可补充协议》，还依据《玉米杂交种“郑单958”许可合同》和《玉米杂交种“郑单958”许可补充协议》的约定，积极履行了自己付款的义务。在《玉米杂交种“郑单958”许可合同》中约定，农科院许可德农公司销售“郑单958”玉米杂交种的许可期为2010年7月2日至2016年12月31日，德农公司向农科院缴纳许可费用2000万元人民币。在《玉米杂交种“郑单958”许可补充协议》中约定，农科院对于德农公司为履行《玉米杂交种“郑单958”许可合同》而进行的“郑单958”制种生产无异议，但生产过程中涉及第三方权益时，应由德农公司负责解决。因此，从德农公司的上述行为看，德农公司上诉主张的其使用“郑58”应该适用《联合声明》并没有十年限制规定的理由不足，不能成立，予以驳回。
　　3.2003年3月9日《公告》的问题。2003年3月9日，作为“郑单958”植物新品种权的原权利人的农科院粮作所和作为“郑58”植物新品种权原权利人的飞龙公司共同向全国各省、自治区、直辖市农业厅（局）、种子管理站发出“公告”，声明农科院粮作所科技有限公司、金博士公司、农科院种业有限公司、德农种业投资有限公司可以生产、包装、经营使用“郑58”。2003年度以上四家公司安排的“郑单958”杂交种生产基地，烦请给予办理生产许可证，除此四家以外的任何单位和个人，均不在授权生产之列，不予办理生产许可证。
　　从《公告》也可以明确看出，作为“郑单958”植物新品种权原权利人的农科院粮作所和作为“郑58”植物新品种权原权利人的飞龙公司，许可农科院粮作所科技有限公司、金博士公司、农科院种业有限公司、德农种业投资有限公司四家单位具有“郑单958”的生产和销售权以及“郑58”的生产和使用权，对使用期限也没有明确规定。
　　4．关于2009年7月25日《授权书》和《承诺书》的问题。金博士公司作为“郑58”新的品种权人，于2009年7月25日分别对不同的主体出具了《授权书》和《承诺书》。在对农科院粮作所科技有限公司、农科院及其所属研究机构和上述机构控股或者实际控股的科技企业出具的《授权书》中，明确授权上述主体可以无偿使用“郑58”用于玉米杂交种“郑单958”的生产、经营活动，直至“郑58”自交系品种权保护期满为止。但在对德农公司出具的《承诺书》中，只是许可德农公司可以无偿使用“郑58”用于“郑单958”的生产、经营活动，并没有授权许可期限。
　　5.关于2010年《招股说明书》的问题。2010年金博士公司公开发行《股票招股说明书》，明确说明：金博士与农科院粮作所仍沿用以前相互授权模式，双方互签授权许可证，以保证双方均可合法经营“郑单958”及“郑58”，双方相互的授权许可均从2009年1月1日至品种权保护期结束。另声明：“2009年1月1日，金博士公司授予河南省农业科学院粮食作物研究所具有免费使用‘郑58’科研培育新品种的权力，并在其自主研发通过审定的新品种许可第三方经营时，不再收取‘郑58’使用费用；授予农科院粮作所科技有限公司具有免费使用自交系“郑58”生产玉米杂交种‘郑单958’的权力。”《招股说明书》说明，该说明书披露的相互授权仅对农科院及其所属公司与金博士公司有效，并不及于德农公司。
　　6.2010年4月23日《玉米杂交种“郑单958”许可合同》和《玉米杂交种“郑单958”许可补充协议》的问题。在《郑单958玉米杂交种种子生产、销售许可合同》到期前，2010年4月23日农科院与德农公司签订了《玉米杂交种“郑单958”许可合同》。依据该合同约定农科院许可德农公司销售“郑单958”玉米杂交种，许可期为2010年7月2日至2016年12月31日，农科院收取德农公司许可费用2000万元人民币。同日农科院与德农公司签订了《玉米杂交种“郑单958”许可补充协议》，明确约定农科院对于德农公司为履行《玉米杂交种“郑单958”许可合同》而进行的“郑单958”制种生产无异议，但生产过程中涉及第三方权益时，应由德农公司负责解决。
　　因此，从上述证据可以看出，2001年5月26日的《郑单958玉米杂交种种子生产、销售许可合同》中，明确约定了十年的许可期限。2001年10月27日的《联合声明》和2003年3月9日的《公告》没有明确的期限。2009年7月25日的《授权书》明确授权农科院粮作所科技有限公司、农科院及其所属研究机构和上述机构控股或者实际控股的科技企业可以无偿使用“郑58”用于玉米杂交种“郑单958”的生产、经营活动，直至“郑58”自交系品种权保护期满为止。但在同一天金博士公司向德农公司出具的《承诺书》中，只是许可德农公司可以无偿使用“郑58”用于“郑单958”的生产、经营活动，并没有授权许可期限。同样基于“郑单958”和“郑58”的相互授权模式，2010年金博士公司公开发行《股票招股说明书》，明确说明：金博士与农科院粮作所双方均可合法经营“郑单958”及“郑58”，双方相互的授权许可均从2009年1月1日至品种权保护期结束。”从2009年7月25日金博士公司对不同主体出具的《授权书》和《承诺书》和2010年金博士公司公开发行《股票招股说明书》的事实看，对于农科院粮作所科技有限公司、农科院及其所属研究机构和上述机构控股或者实际控股的科技企业而言，由于农科院粮作所是“郑单958”的权利人，作为“郑单958”权利人的农科院粮作所和“郑58”权利人的金博士公司相互之间有免费互换使用对方植物新品种的约定。因此，金博士公司明确授权有关主体免费使用“郑58”直至该品种的保护期限结束。由于德农种业投资有限公司，不是农科院粮作所科技有限公司、农科院及其所属研究机构和上述机构控股或者实际控股的科技企业，且德农种业投资有限公司和其控股公司与农科院粮作物所签订的《郑单958玉米杂交种种子生产、销售许可合同》尚未到期，仍在履行中。在《承诺书》中，只是许可德农公司可以无偿使用“郑58”用于“郑单958”的生产、经营活动，并没有授权许可期限直至“郑58”植物品种权保护期结束。
　　（四）关于德农公司上诉主张的农科院对德农公司依法使用“郑58”生产“郑单958”进行了合法再许可的问题。德农公司为了证明农科院对德农公司依法使用“郑58”生产“郑单958”进行了合法再许可，在一审提供了农科院与德农公司签订的《玉米杂交种“郑单958”许可合同》及《玉米杂交种“郑单958”许可补充协议》。本院认为，虽然农科院与德农公司在《玉米杂交种“郑单958”许可合同》中约定，德农公司有权销售“郑单958”玉米杂交种，而在《玉米杂交种“郑单958”许可补充协议》中明确约定，德农公司在制种生产“郑单958”时，农科院同意不再收取费用，但生产过程中涉及第三方权益时，应由德农公司负责解决。
　　相反，金博士公司为了证明德农公司在生产“郑单958”过程中使用母本“郑58”，没有得到母本“郑58”权利人金博士公司的同意。在一审中提供了如下证据：
　　1.2011年3月5日金博士公司分别向农业部及农业部植物新品种保护办公室呈报的《关于请求在“郑单958”玉米新品种种子繁育生产经营行政管理中依法保护“郑58”玉米自交系植物新品种权的报告》。在该报告中显示：2010年德农公司重新与“郑单958”品种权人签订“郑单958”玉米品种权有偿许可使用合同，以2000万元使用费，取得了“郑单958”玉米品种的合法使用权，但是，德农公司至今未与金博士公司协商、签订“郑58”玉米自交系品种的有偿许可使用合同，所以，时至今日德农公司未取得“郑58”玉米自交系品种的合法使用权。
　　2.2011年5月10日金博士公司给德农公司的函告。在该函中，金博士公司函告德农公司：现金博士公司是“郑58”玉米自交系品种的唯一品种权人。依据“郑单958”玉米品种的《审定证书》，“郑单958”的品种来源为：郑58/昌7-2，即“郑单958”玉米杂交种是由郑58与昌7-2玉米自交系杂交而成的，只要生产繁育“郑单958”玉米杂交种，就必须使用“郑58”玉米自交系品种。经调查，2010年德农公司与农科院签订了“郑单958”品种有偿许可合同，取得“郑单958”品种的使用权，但德农公司至今未与金博士公司签订“郑58”品种的许可使用合同，未取得“郑58”玉米自交系品种的使用权。请德农公司速与金博士公司联系，尽快与金博士公司协商、签订“郑58”玉米自交系品种的有偿许可使用合同，以取得金博士公司“郑58”玉米自交系品种的合法使用权，同时，金博士公司也表示，任何单位或个人未经金博士公司书面授权许可，为商业之目的擅自使用“郑58”玉米自交系品种去生产、繁育“郑单958”玉米杂交种的行为，均构成对“郑58”玉米自交系品种权人的侵权，金博士公司将依法严厉追究侵权的法律责任。
　　综上说明，“郑单958”品种是由母本“郑58”与父本“昌7-2”自交系品种杂交而成，只要生产繁育“郑单958”玉米杂交种，就必须使用母本“郑58”玉米自交系品种。德农公司在生产繁育“郑单958”玉米杂交种时，不仅要得到“郑单958”的权利人农科院的同意，还要得到母本“郑58”的权利人金博士公司的同意。对本案所涉及的2001年5月26日的《郑单958玉米杂交种种子生产、销售许可合同》、2001年10月27日《联合声明》、2003年3月9日《公告》、2009年7月25日出具的《授权书》和《承诺书》、2010年《招股说明书》、2010年4月23日《玉米杂交种“郑单958”许可合同》和2010年4月23日《玉米杂交种“郑单958”许可补充协议》等的内容、目的、履行过程等进行综合分析和整体解释，能够得出结论：一审判决将2001年10月27日的《联合声明》的效力期限认定截止于2010年7月1日是正确的。2010年7月1日以后，在与“郑58”权利人金博士公司就使用母本“郑58”生产“郑单958”没有达成一致协议、没有经过金博士公司同意的情况下，德农公司使用“郑58”生产“郑单958”，侵犯了金博士公司对“郑58”享有的植物新品种权。一审判决认定德农公司侵犯了金博士公司对“郑58”享有的植物新品种权的事实正确，予以维持。德农公司关于其没有侵犯金博士公司对“郑58”享有的植物新品种权、一审判决认定事实错误、适用法律不当、程序违法的上诉理由不能成立，予以驳回。
　　二、关于赔偿数额是否适当的问题。《最高人民法院关于审理侵犯植物新品种权纠纷案件具体应用法律问题的若干规定》第六条第二款规定，人民法院可以根据被侵权人的请求，按照被侵权人因侵权所受损失或者侵权人因侵权所得利益确定赔偿数额。被侵权人请求按照植物新品种实施许可费确定赔偿数额的，人民法院可以根据植物新品种实施许可的种类、时间、范围等因素，参照该植物新品种实施许可费合理确定赔偿数额。
　　（一）关于德农公司上诉主张的一审判决在赔偿金额上全部采用“郑单958”的有关证据和用“郑单958”的证据计算“郑58”的侵权赔偿金额的问题。一审法院经审理认定：2000年11月10日全国农作物品种审定委员会第四次会议审定通过“郑单958”玉米杂交种的《审定证书》，认定该品种来源为：郑58/昌7-2。即“郑单958”品种是由母本“郑58”与父本“昌7-2”自交系品种杂交而成，只要生产繁育“郑单958”玉米杂交种，就必须使用“郑58”玉米自交系品种。正是由于“郑58”是“郑单958”的母本的特殊关系，德农公司在没有经过权利人金博士公司的同意，使用母本“郑58”生产“郑单958”，侵犯了金博士公司对“郑58”享有的植物新品种权的前提下，一审判决在赔偿金额上全部采用“郑单958”的有关证据，并用“郑单958”的证据来计算“郑58”的侵权赔偿金额并无不当。
　　（二）关于德农公司上诉主张的一审判决将行业协会的参考性意见作为计算赔偿的问题。2014年9月23日中国种子协会五届七次常务理事会通过的《玉米育种成果收益分配指导意见》载明玉米育种成果收益分配比例方案：父本者：母本者：育成人的权益比例为3：3：4，即父本和母本各占30%，组配者占40%，以此计算德农公司2011年11月至2014年5月期间经营“郑单958”的161353800元获利中“郑58”的贡献额为48406140元。虽然《玉米育种成果收益分配指导意见》仅为指导意见，但是，该指导意见是在中国种子协会五届七次常务理事会上通过的，其目的在于在全国范围内规范和引导玉米育种成果收益分配，对全国法院系统审理植物新品种侵权纠纷案件有重要的指导和参考作用。因此，一审法院将该参考意见作为酌定赔偿依据并无不当。
　　（三）关于德农公司上诉主张的一审判决主观臆测德农公司的获利远超4950万元等问题。一审法院在认定德农公司的赔偿数额时，除了考虑到农科院许可德农公司生产、销售“郑单958”玉米杂交种的许可费用为2000万元人民币外，还综合考虑了如下因素：
　　1.金博士公司在一审中主张赔偿数额时，向一审法院提供了甘肃省植保植检站出具的德农公司调运“郑单958”玉米杂交种《2010年10月至2014年5月植物检疫证》，统计2011年11月至2014年5月，德农公司调运“郑单958”玉米杂交种共计53784600公斤，德农公司与山东省各地政府签署的《政府采购合同》约定的“郑单958”的销售价格约为14.45元/公斤，甘肃省种子协会产业发展工作委员会、张掖市种子管理局、张掖市种子行业协会、武威市种子管理站、武威市凉州区种子协会证明收购“郑单958”玉米种6元/公斤，按照销售价格（14.45元/公斤）减去购入价格（6元/公斤）计算德农公司销售“郑单958”的毛利润为8.45元/公斤，综合考虑其生产、加工、包装、运输、储存、管理等经营费用，并参照行业平均利润率20%的标准，酌情确定德农公司销售“郑单958”的合理利润为3元/公斤，德农公司2011年11月至2014年5月期间经营“郑单958”获利为53784600公斤×3元/公斤＝161353800元。
　　2.一审法院在确定赔偿数额时，综合衡量了侵权赔偿要增强损害赔偿的补偿、惩罚和威慑效果，降低维权成本，提高侵权代价，贯彻全面赔偿原则。
　　3.德农公司对其未取得“郑58”的合法授权而使用“郑58”繁育生产“郑单958”玉米品种的侵权行为明知，存在主观过错，德农公司使用“郑58”繁育生产“郑单958”玉米品种获利巨大，德农公司在不停止使用“郑58”玉米品种生产玉米杂交种“郑单958”的情形下，至“郑58”保护期满德农公司获利将远远超过金博士公司请求赔偿的数额4950万元。
　　4.植物新品种司法解释第六条规定法定赔偿适用时将维权费用考虑进去，并不意味着不适用法定赔偿时就不能另行计算维权费用，参照《中华人民共和国专利法》第五十六条第一款关于“赔偿数额还应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支”的规定，对于金博士公司主张的德农公司赔偿其维权费用的诉讼请求，一审法院综合考虑全案具体情况，酌情确定金博士公司为制止侵权行为所支付的调查费、律师费等合理开支为2万元。
　　5.一审法院在确定赔偿数额时，充分考虑到法发[2009]23号最高人民法院印发《关于当前经济形势下知识产权审判服务大局若干问题的意见》的通知第15条的精神：“知识产权诉讼制度要充分发挥停止侵害的救济作用，妥善适用停止侵害责任，有效遏制侵权行为。根据当事人的诉讼请求、案件的具体情况和停止侵害的实际需要，与侵权行为的严重程度相当，且不能造成不必要的损失。如果停止有关行为会造成当事人之间的重大利益失衡，或者有悖社会公共利益，或者实际上无法执行，可以根据案件具体情况进行利益衡量，不判决停止行为，而采取更充分的赔偿或者经济补偿等替代性措施了断纠纷。”
　　6.加强植物新品种权保护有助于推动国家三农政策，德农公司已经取得“郑单958”品种权人的授权许可，并已支付相应的使用费，因培育“郑单958”玉米品种仍需要使用亲本“郑58”植物新品种权，德农公司为生产“郑单958”花费了大量的人力物力，若禁止德农公司使用亲本“郑58”生产“郑单958”玉米品种，将造成巨大的经济损失，通过支付一定的赔偿费能够弥补金博士公司的损失。故对金博士公司要求德农公司停止使用“郑58”生产“郑单958”玉米品种的请求，一审法院不予支持，但是，对金博士公司的损失通过支付一定的赔偿费予以弥补。
　　另外，在本院二审期间，金博士公司为了证明德农公司2014年以后还在生产、销售“郑单958”，向本院提交了四份证据，德农公司虽然对这些证据有异议，但这些证据能够证明，2014年以后德农公司仍然生产、销售“郑单958种子”的事实存在。
　　综上，本院在综合分析一审法院判决时所考虑的上述因素，结合本院二审审理期间金博士公司提供的新证据等，本院认为一审判决的赔偿数额适当，予以维持。德农公司关于一审判决的赔偿数额不当，一审判决主观臆测德农公司的获利远超4950万元错误等问题的理由不足，予以驳回。
　　三、关于农科院应否在三百万元的范围内承担连带责任的问题。一审判决认为，德农公司依据农科院向其出具的《委托书》取得了生产“郑单958”《农作物种子生产经营许可证》，并使用“郑58”生产“郑单958”玉米杂交种，侵害了金博士公司所享有的植物新品种权，因此，农科院应对其过错行为在三百万元的范围内承担连带责任。
　　本院经审理查明，虽然农科院向德农公司出具了《委托书》，德农公司也依据该《委托书》申请核发农作物种子生产经营许可证并取得了“郑单958”的《农作物种子经营许可证》。但是，2010年4月金博士公司首次公开发行股票招股说明书披露：金博士公司受让了“郑58”品种权之后，经协商，金博士公司和农科院之间仍沿用相互授权模式，双方互签授权许可证，以保证双方均可合法经营“郑单958”及“郑58”。双方相互的授权许可均从2009年1月1日至品种权保护期结束。因此，依据农科院和金博士公司之间的相互授权模式，农科院有权无偿使用“郑58”，用于玉米杂交种“郑单958”的生产、经营活动，农科院依法可以自己生产，也可以委托他人生产。《中华人民共和国种子法》第二十一条规定，申请领取具有植物新品种权的种子生产经营许可证的单位和个人，必须取得品种权人的书面同意。依据该条规定，德农公司要申请核发农作物种子生产经营许可证并取得“郑单958”的《农作物种子经营许可证》，应该提供品种权人的书面同意的证明材料，而农科院向德农公司出具的《委托书》。事实上，德农公司使用“郑58”生产“郑单958”依据的是，农科院与德农公司签订的《玉米杂交种“郑单958”许可合同》和《玉米杂交种“郑单958”许可补充协议》。依据《委托书》的约定，德农公司作为受托人取得的仅为接受委托生产“郑单958”的权利。而《玉米杂交种“郑单958”许可合同》约定，农科院许可德农销售“郑单958”玉米杂交种，《玉米杂交种“郑单958”许可补充协议》约定，农科院同意德农公司有权进行“郑单958”的制种生产，但在生产过程中涉及第三方权益时由德农公司负责解决。因此，德农公司不仅是在经农科院同意的前提下，才取得了生产“郑单958”的权利，而且在生产过程中涉及到其他权利人的权利时，则要由德农公司负责解决，与农科院无关。一审判决以农科院向德农公司出具《委托书》、使德农公司取得了生产“郑单958”《农作物种子生产经营许可证》并进而侵害了金博士公司所享有的植物新品种权为由，判令农科院在三百万元的范围内承担连带责任不当，予以纠正，农科院的该项上述理由成立，予以支持。
　　综上所述，农科院的上诉请求成立，予以支持；德农公司的上诉请求不能成立，予以驳回。依照《中华人民共和国侵权责任法》第二条、第九条、第十四条、第十五条第一款第（六）项，《中华人民共和国植物新品种保护条例》第六条、第三十九条第一款，最高人民法院《关于审理侵犯植物新品种权纠纷案件具体应用法律问题的若干规定》第六条和《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（二）项之规定，判决如下：
　　一、维持河南省郑州市中级人民法院（2014）郑知民初字第720号民事判决第一项；
　　二、撤销河南省郑州市中级人民法院（2014）郑知民初字第720号民事判决第二、三项；
　　三、驳回河南金博士种业股份有限公司的其他诉讼请求。
　　一、二审案件受理费各289426元，均由上诉人北京德农种业有限公司承担。
　　本判决为终审判决。